Enfants, Nabila et Matthew s'amusaient à imaginer des monstres marins dans les rues de leur ville, si jamais les eaux venaient à l'engloutir. Maintenant dans la vingtaine, ils se sont perdus de vue et mènent des vies bien différentes : Nabila est biologiste à l'université alors que Matthew travaille dans un casse-croûte et vit toujours chez sa mère. Une rencontre imprévue les amène à renouer le fil de leur relation. Mais quand Matthew disparaît après une série de messages inquiétants, Nabila laisse tout tomber pour partir à sa recherche. C'est à Berlin qu'elle retrouvera sa trace. Ce qu'elle ignore, c'est que Matthew y est pour commettre un geste irréparable.

Entre thriller et réflexion écologique, Un jardin sur le toit brosse le portrait d'une amitié et d'une époque complexes où s'entremêlent vulnérabilité et compassion.